Secara global terdapat lebih dari 30 spesies kuda laut, keragaman spesies tertinggi ditemukan di asia tenggara/Australia. Sebagian besar spesies yang ditemukan termasuk dalam daftar spesies yang rentan pada IUCN red listsebagai hewan yang terancam punah (IUCN, 2000), walaupun perkiraan yang tepat dari status populasi spesies kuda laut yang berbeda di alam tidak tersedia. Memang, masih ada perdebatan mengenai berapa banyak spesies yang ada dan seperti diketahui bahwa hal ini akan menghambat perkembangan konservasi, manajemen yang tepat dan rencana undang-undang .
Asia Tenggara memiliki sejarah geologi yang sangat kompleks, dengan gerakan lempeng tektonik, dan perubahan tinggi permukaan laut selama 30 juta tahun terakhir sangat mempengaruhi keanekaragaman hayati . Hasil pola distribusi spesies terestrial di daerah ini telah digunakan untuk setting konservasi prioritas. Namun organisme laut, dengan potensi penyebaran tinggi , umumnya diyakini ada sebagai unit taksonomi luas, dengan sedikit diferensiasi local. Konsep ini menyebabkan kepercayaan (mungkin keliru) bahwa spesies laut yang tahan terhadap kepunahan . Namun, baru-baru ini taksonomi beberapa famili ikan laut direvisi, seperti Pseudochromidae dan Blenniidae menunjukkan bahwa adanya populasi terisolasi satu sama lain. Oleh karena itu, perlu pemahaman pola biogeografi di laut untuk mendukung kegiatan konservasi.
Kuda laut memiliki kemampuan reproduksi yang rendah, gaya hidup dewasa muda menetap dan banyak spesies monogami dengan rentang rumah kecil dan tetap. Mereka dengan demikian dihipotesiskan bentuk kecil, regional unit taksonomi terbatas. Jika populasi terisolasi secara signifikan, ini dapat berarti bahwa kuda laut bahkan lebih rentan terhadap tingkat eksploitasi, dan pemahaman tentang distribusi lebih penting bagi pengelolaan konservasi.
jumlah kuda laut (Teleostei: Syngnathidae: Hippocampus) yang terdapat di perairan laut Indonesia sebanyak sembilan jenis. Jenis-jenis tersebut adalah Hippocampus barbouri, H. bargibanti, H. comes, H. histrix, H. kelloggi, H. kuda, H. spinosissimus, H. trimaculatus dan H. sp. nov. Semua jenis di atas juga dapat ditemukan di perairan Indo-Pasifik lainnya. H. barbouri, H. comes, H. kelloggi, dan H. sp. nov. merupakan jenis-jenis yang pertama kali ditemukan di Indonesia. Kuda laut dapat ditemukan di seluruh perairan Indonesia meskipun terdapat beberapa perbedaan di antara jenis-jenis tersebut dalam penyebarannya, kedalaman, dan pemilihan habitat.
Ada perbedaan secara morfologi dan genetika antara populasi H. kuda dan H. trimaculatus yang berlokasi di Paparan Sunda (Sunda Shelf) dengan populasi di luar Paparan Sunda (Indonesia Timur), sehingga dapat disimpulkan bahwa terjadi suatu isolasi sejarah diantara populasi ini.
Hippocampus spinosissimus dan H. trimaculatus ternyata lebih banyak ditemukan di laut Paparan Sunda, sementara H. kuda dan H. barbouri lebih banyak di luar daerah Paparan Sunda. Perlu berhati-hati dalam mengambil kesimpulan tentang distribusi jenis-jenis tersebut berdasarkan hasil di atas karena adanya perbedaan penggunaan alat tangkap, perbedaan daerah sampling yang dipakai di wilayah geografis yang berbeda.