Menurut Blakely dan Bade (1991), sistem pencernaan kelinci merupakan sistem pencernaan yang sederhana dengan coecum dan usus yang besar. Hal ini memungkinkan kelinci dapat memanfaatkan bahan-bahan hijauan, rumput dan sejenisnya. Bahan-bahan itu dicerna oleh bakteri di saluran cerna bagian bawah seperti yang terjadi pada saluran cerna kuda. Kelinci mempunyai sifat coprophagy yaitu memakan feses yang sudah dikeluarkan. Feses ini berwarna hijau muda dan lembek. Hal ini terjadi karena konstruksi saluran pencernaannnya sehingga memungkinkan kelinci untuk memanfaatkan secara penuh pencernaan bakteri di saluran bagian bawah atau yaitu mengkonversi protein asal hijauan menjadi protein bakteri yang berkualitas tinggi, mensintesis vitamin B dan memecah selulose/serat menjadi energi yang berguna.
Urutan sIstem digesti kelinci adalah sebagai berikut:
Mulut. Di dalam mulut terjadi pencernaan secara mekanik yaitu dengan jalan mastikasi bertujuan untuk memecah pakan agar menjadi bagian-bagian yang lebih kecil dan mencampurnya dengan saliva yang mengandung enzim amilase yang mengubah pati menjadi maltosa agar mudah ditelan (Kamal, 1982).
Oesophagus. Merupakan lanjutan dari pharing dan masuk ke dalam cavum abdominale dan bermuara pada bagian ventriculus (Anonimous, 1990).
Ventriculus. Lambung kelinci disebut juga ventrikulus yang terdiri dari tiga bagian yaitu bagian awal (kardia), bagian tengah (fundus) dan bagian akhir (pilorus). Ventrikulus berfungsi sebagai tempat penyimpanan pakan dan tempat terjadinya proses pencernaan dimana dinding lambung mensekresikan getah lambung yang terdiri dari air, garam anorganik, mucus, HCl, pepsinogen dan faktor intrinsik yang penting untuk efisiensi absorbsi vitamin B12. Keasaman getah lambung bervariasi sesuai dengan macam makanannya. Pada umumnya sekitar 0,1N atau ber-pH lebih kurang dari 2 (Kamal, 1982).
Usus halus. Terdiri dari duodenum, jejenum dan illeum. Kelenjar branner menghasilkan getah duodenum dan disekresikan ke dalam duodenum melalui vili-vili dan getah ini bersifat basa. Getah pankreas yang dihasilkan disekresikan ke dalam duodenum melalui ductus pancreaticus. Jejenum merupakan kelanjutan dari duodenum dan illeum di sebelah caudal ventriculus dan berfungsi sebagai tempat absorbsi makanan (Kamal, 1982).
Coecum. Berbentuk seperti kantung berwarna hijau tua keabu-abuan. Dalam coecum makanan disimpan dalam waktu sementara. Pencernaan selulosa dilakuakan oleh bakteri yang menghasilkan asam asetat, propionat dan butirat (Aminudin, 1986).
Intestinum crassum. Colon berjalan ke arah caudal diagonal menyilang coecum. Di sini terdapat ascenden dan colon transverasum, colon descenden dan colon sigmoideum yang belum jelas (Aminudin, 1986).
Rectum. Rectum merupakan kelanjutan dari colon dan membentuk feses. Rektum berakhir sebagai anus (Aminudin, 1986).
Anus. Feses yang keluar lewat anus mengandung air. Feses merupakan sisa makanan yang tidak tercerna. Cairan dari tractus digestivus, sel-sel epitel usus, mikroorganisme, garam organik, stearol dan hasil dekomposisi dari bakteri keluar melalui anus (Kamal, 1982).