Pada awalnya mas koki diberi nama ilmiah Cyprinus auratus, yang berarti ”ikan berwarna emas dengan tiga lapis ekor”. Tapi rupanya ilmu pengetahuan dalam taksonomi ikan berkembang pesat sehingga dihasilkan nama biologi baru untuk mas koki, yaitu Carrasius auratus.
Namun begitu, lain lagi nama yang diberikan oleh kelompok ahli dari lembaga internasional yang mengatur tentang penamaan zoologi. Para ahli membedakan antara karper krusian (crucian carp) dengan mas koki turunannya. Nama baru Carrasius auratus digunakan untuk mas koki dan Carrasius carrasius untuk karper krusian.
Simpang siur nama menjadi semakin runyam setelah keluar lagi nama baru untuk mas koki. Akhirnya nama yang dianggap paling tepat untuk mas koki adalah Carrasius carrasius var auratus. Alasannya, bagaimanapun juga mas koki tadinya berasal dari keturunan crusian carp.