Maraknya praktek penangkapan ikan yang tidak ramah lingkungan dan pembuatan bendungan disungai yang tidak memperhatikan jalur migrasi ikan telah mengakibatkan banyaknya spesies ikan yang termasuk dalam daftar spesies yang terancam punah. Praktek penangkapan berlebih, penggunaaan bahan beracun dan bom, serta alat tangkap tidak selektif mengakibatkan terdinya gangguan system reproduksi ikan, hal ini ditandai dengan semakin kecilnya ukuran ikan pada saat matang gonad pertama kali. Bendungan dibuat untuk berbagai kepantingan manusia seperti mendapatkan sumber tenaga listrik dan irigasi untuk lahan pertanian serta kebutuhan air minum. Namun pebuatannya tidak memperhatikan kondisi ekologis seperti ikan-ikan yang bermigrasi untuk tujuan tertentu. Beberapa jenis ikan harus melakukan perjalanan panjang menuju hulu untuk melepaskan telurnya, namun dengan adanya bendungan menghalangi perjalanan mereka ke tempat tujuan.
Penurunan kualitas ekosistem semakin cepat dan menjadi rapuh untuk menopang interaksi kehidupan didalamnya dan ikan memainkan [eranan penting dalam rantai makanan. Ketika satu jenis ikan terancam punah maka akan mempengaruhi keseimbangan ekosistem dan menimbulkan efek domino yang dapat mengancam keberadaan hewan lain yang bergantung pada siklus makanan ikan tersebut. Hal ini mungkin bukan merupkan suatu masalah sampai saat kita mengetahui bahwa sebagian besar manusia bergantung pada kehisupan laut. Sebagian besar oksigen dunia dihasilkan oleh tumbuh-tumbuhan laut.
Ikan diseluruh dunia terancam punah karena berbagai alas an, tetapi hamper semuanya disebabkan oleh aktifitas manusia. Bendungan membuat populasi ikan terpisah sehingga mustahil untuk bermigrasi untuk mencari makan atau mencari pasangan pada musim pemijahan. Populasi yang terisolasi membuat ikan rentan terhadap ancaman predator dan polusi.
Beberapa contoh ikan yang terancam punah adalah Chinese Paddlefish, Northern Buefin Tuna, Siberian Sturgeon, Alabama Sturgeon, Silver Shark, Alabama Shad, Wild Common Carp dan Clanwilliam Redfin.