Majelis hakim yang dipimpin Suharto menyatakan terdakwa tak terbukti melakukan pembunuhan berencana terhadap Munir. Hakim menilai Muchdi tak memiliki motif untuk membunuh Munir. Bahkan, percakapan telepon antara Pollycarpus Budihari Priyanto dan Muchdi yang telah terungkap di persidangan tidak bisa menjadi bukti.
Kasus ini bermula saat pejuang hak asasi manusia, Munir, meninggal dalam perjalanan menuju Belanda, September 2004. Ketika itu, mantan Koordinator Kontras (Komisi untuk Orang Hilang dan Korban Tindak Kekerasan) tersebut hendak menempuh pendidikan lanjutan di bidang hukum. Hasil pemeriksaan pemerintah Belanda menunjukkan Munir tewas karena racun arsenik.
Sepekan kemudian, jenazah Munir dibawa ke kota kelahirannya di Malang, Jawa Timur. Munir disambut bagai pahlawan yang gugur di medan tugas. Sementara racun arsenik yang masuk ke lambung Munir meninggalkan tanda tanya besar. Pemerintah Indonesia segera membentuk tim pencari fakta. Sejumlah orang disidangkan, termasuk pilot Garuda Indonesia, Pollycarpus.
Pollycarpus dinyatakan terbukti melakukan pembunuhan berencana terhadap Munir dan memalsukan surat tugas. Dia dihukum 14 tahun penjara oleh Pengadilan Negeri Jakarta Pusat. Namun, Mahkamah Agung menambah masa hukuman menjadi 20 tahun. Kasus ini kemudian menyeret Muchdi PR. Pihak pengadilan sempat memperdengarkan rekaman telepon antara Muchdi dan Pollycarpus, meski mereka mengaku tak saling kenal [baca: Muchdi PR Menunggu Vonis Hakim].